Tuco Salamanca, le caïd psychopathe, enlève Walter et Jesse car il croit que son bras droit Gonzo l’a trahi (en réalité il a été tué accidentellement). La famille de Walter s’inquiète de sa disparition. Hank part alors à sa recherche et trouve le repaire de Tuco. Alors que Walter et Jesse viennent de s’échapper, Hank abat Tuco.
Walter fait alors passer sa disparition pour un épisode de démence dû à son cancer. Mais Skyler a des doutes et devient de plus en plus distante. De son côté, Walter pense que son fils prend trop exemple sur Hank et se méfie de l’employeur de sa femme, Ted.
Pendant ce temps, Walter et Jesse décident de monter leur propre affaire : Walter « cuisine » la méthamphétamine et les dealers de Jesse la vendent. L’empire d'Heisenberg s’étend de plus en plus, surtout quand la rumeur court que Jesse a tué un junkie (c’est en fait un malentendu).