L'histoire se déroule en 2017, deux ans après que Cate, May et Keiko sont tombées dans l'Axis Mundi. À leur retour sur Terre, elles découvrent que le monde a changé et que Monarch collabore désormais avec Apex Cybernetics.
Cate est déterminée à retourner dans l'Axis Mundi pour sauver le colonel Lee Shaw (Kurt Russell), qui s'est sacrifié pour permettre leur évasion.
Les héros se rendent sur l'île de King Kong pour trouver un nouveau portail vers la Terre Creuse.