Suite au final explosif de la première saison, l'équipe est séparée et éparpillée à travers le temps, allant de l'Égypte ancienne au futur lointain. Les mutants survivants doivent trouver un moyen de se regrouper dans les années 90, tout en affrontant leur plus grand ennemi : le mégalomane immortel, Apocalypse.