La saison 3 de Tracker se concentre sur l'exploration plus approfondie du passé de Colter Shaw, notamment le meurtre de son père, impliquant sa mère et une nouvelle menace. L'intrigue s'annonce plus sombre, avec Colter potentiellement en fuite. De plus, le retour de son frère Russell Shaw et des départs de personnages comme Velma et Bobby sont expliqués dans le premier épisode, "The Process".